مكتبة المعهد توجد بالدور الرابع بالمبنى وهى عبارة عن قاعة كبرى تضم العديد من المناضد والكراسى وأجهزة كمبيوتر مجهزة وميسرة للطلاب للبحث الإليكترونى بالإضافة إلى احتوائها إلى العديد من الكتب العربية والأجنبية والدوريات والمراجع والمعاجم والرسائل العلمية البحثية المتخصصة فى حضارات الشرق الأدنى القديم