مكتبة المعهد توجد بالدور االأول علوى بالمبنى وهى عبارة عن قاعة كبرى تضم العديد من المناضد والكراسى وأجهزة كمبيوتر مجهزة وميسرة للطلاب للبحث الإليكترونى بالإضافة إلى احتوائها إلى العديد من الكتب العربيةوالرسائل العلمية العربية والأجنبية ماجستير ودكتوراه والدوريات والمراجع والمعاجم والرسائل العلمية البحثية المتخصصة فى حضارات الشرق الأدنى القديم وقاعة أخرى تضم الكتب الأجنبية والدورايات الأجنبية وكلاهما فى خدمة الباحث والطالب